Монастырь находится на месте античного города Акрофоон, или Акрофои (᾿Ακρόθῳον, ᾿Ακρόθωοι), в местности, в византийскую эпоху называвшейся Мелана. Основателем Великой Лавры был прп. Афанасий Афонский, основоположник общежительного монашества на Афоне, а ее первым покровителем и ктитором - военачальник, впоследствии византийский император Никифор II Фока, духовное чадо и друг прп. Афанасия.  Для строительства Великой Лавры Никифором Фокой и имп. Романом II (959-963) были переданы 6 литр золота.

Лавра Святого Афанасия или Великая Лавра [греч. Μεγίστη Λαύρα τοῦ ἁγίου ᾿Αθανασίου], мужской общежительный, древнейший из существующих монастырей на горе Афон. Первоначально был посвящен Благовещению Божией Матери, в XV в. переименован в честь прп. Афанасия Афонского (ок. 925/30 - ок. 1000), основателя монастыря. Уже в Типиконе 972 г. монастырь был назван Великой Лаврой и по настоящее время сохраняет почетное первенство среди 20 афонских обителей. Расположен на юго-восточной оконечности полуострова, у подножия горы Афон, рядом с холмом Кукос, на высоте 40 м над уровнем моря.