Вблизи папской пещеры находится пещера св. мученицы Кикилии (Цицилии) (Cripta di Santa Cecilia), названная по имени почивавшей здесь мученицы Кикилии (или Цецилии, память 22 ноября).

Длина и ширина этой пещеры примерно 8-9 аршин. Она освещена большим просветом, который дает возможность разобрать стенную иконопись. В этом просвете, на одном из внутренних боков, есть следы живописных фресковых изображений неизвестной женщины в молитвенном положении, креста с двумя овцами, стоящими по обеим сторонам его, и трех мучеников Поликама, Севастиана и Кирина, поверх которых начертаны их имена, а сбоку изображен символ их мученичества, пальмовая ветка.

О мученике Поликаме сведений не имеется. Мученик Севастиан и священномученик Кирин - это страстотерпцы Христовы, священные останки которых некогда покоились в катакомбах св. Севастиана, см. № 19 (в описании Севастиановых катакомб есть сведения о жизни обоих мучеников).

На одной из боковых стен самой пещеры изображены: мученица Кикилия, в виде молодой женщины в богатом брачном одеянии (она мученически скончалась вслед за своим вступлением в супружество), с простертыми руками и с золотым сиянием вокруг головы; Спаситель с благословляющей десницей и Евангелием в левой руке и святой епископ, о котором упоминается в житии мученицы Кикилии. С правой стороны от изображения Урбана видна доселе стенная ниша, где поставлен был некогда саркофаг с телом св. Кикилии. Нетленное тело св. Кикилии было обретено в этой нише в 1599 г. и перенесено в церковь ее имени за Тибром (Chiesa di Santa Cecilia in Trastevere), где оно и почивает под главным престолом.

Более пятисот лет спустя, в 817 году, папа Пасхалий I велел организовать поиски тела Цецилии в катакомбе Святого Калликста, но его так и не нашли. Однажды ранним утром, во время заутрени, которую начинали петь вскоре после полуночи, папа уснул в соборе Святого Петра, и святая Цецилия явилась ему во сне и сказала, что во время своих поисков он был так близко от ее гробницы, что она могла бы заговорить с ним. Он снова стал искать и нашел гробницу. Открыв гроб кипарисового дерева, увидели нетронутое тлением тело святой. Она лежала, как будто просто уснула.

Тело святой Цецилии видели и много позже, в 1599 году. Кардинал Сфондрати открыл гроб и был потрясен, обнаружив, что «святая лежит в гробу не на спине, как положено похороненной, а на правом боку, как девственница в своей постели, со стыдливо сомкнутыми ногами, как будто спит». Послали за скульптором, Стефаном Мадерной, его попросили сделать точную копию тела в мраморе. Его работу можно увидеть теперь в церкви СвятойЦецилии, а копия была помещена в катакомбе. Это фигура как будто уснувшей молодой девушки. Она отвернулась, на шее — следы меча, пальцы сложены для осенения крестным знамением. Миниатюрные копии продаются во всех римскихлавочках, торгующих религиозными сувенирами, и найдут дорогу во все части света. Скульптор сопроводил свою работу следующими словами: «Вот тело благочестивейшей Девы Цецилии, которую я сам видел нетронутой тлением в ее гробнице. В мраморе я воссоздал вам образ этой святой, она лежит в той позе, в которой я ее увидел».

Генри В. Мортон.

Церковь выстроена в III веке, где некогда стоял дом, который принадлежал отцу Кикилии и в котором она пострадала за Христа. Мучитель, тщетно старавшийся уговорить св. Кикилию отречься от Христа, велел отвести ее домой и там заморить в жарко натопленной бане.Три дня и три ночи морили ее жаром и дымом, но благодать Божия прохлаждала и оживляла ее. Узнав об этом, мучитель велел там же усечь ее мечом. Палач, явившись к ней, три раза ударил ее мечом в шею, но не отсек головы совсем и, оставив ее там, ушел. Верующие губкой и платом собирали кровь ее, и святая прожила еще три дня, утверждая окружающих ее христиан в вере, и, наконец, во время молитвы предала дух свой Богу и была с частью погребена в Каллистовых катакомбах. В этой церкви имеется придел, устроенный на правой стороне от главного входа, в том самом помещении, которое некогда служило баней при доме св. Кикилии, где она претерпела страдание (Capella del Calidario).

После видения Пасхалий I обрёл мощи святой и перенёс их в римскую церковь Санта-Чечилия-ин-Трастевере. При перестройке церкви в 1599 году саркофаг был вскрыт, и присутствующие убедились в совершенной нетленности тела святой. Стефано Мадерно, свидетель последнего события, создал статую святой Цецилии, изобразив её тело таким, каким он его видел при вскрытии саркофага. В крипте помещена копия этой скульптуры (оригинал находится в Санта-Чечилия-ин-Трастевере). Голова святой, укутанная материей, отсечена от тела, три пальца правой руки сложены щепотью, пальцы левой руки, за исключением одного, сжаты в кулак. Традиционно считается, что таким сложением пальцев святая продемонстрировала палачам свою веру в Единого Бога и Святую Троицу.

В крипте сохранилось несколько фресок, датируемых не позднее рубежа VIII-IX веков. Среди них — Христос Пантократор, святая Цецилия «Оранта», святой папа-мученик Урбан I. На сводах крипты помещено изображение креста между двух агнцев и трёх римских мучеников Поликама, Себастиана и Квирина. В крипте сохранились также несколько надгробных греческих надписей, в том числе сенатора Септимия Фронтона (конец III века).