Объяснять это только вероисповеданием главного архитектора католика Монферрана нельзя, поскольку за соблюдением православных канонов при возведении и оформлении храма строго следила специальная комиссия Святейшего Синода. По протоколам Комиссии по строительству можно увидеть, как святые отцы предписывали академикам и профессорам изменять детали композиции, размеры фигур и даже цветовые оттенки эскизов будущих росписей.

Между тем анализ архивных материалов позволяет предположить, что особенности интерьера этого собора обусловлены традициями, заложенными при оформлении первых Исаакиевских храмов.

В делах Морского министерства сообщается об Исаакиевской церкви: "... в ней образы Спасителя, Богородицы, Николая, Иоанна Златоуста, Исаакия Далмацкого, Александра Невского, Андрея Первозванного... Над царскими дверьми образ Спасителя с крестом в руке, писано на лимонной камке, по сторонам Спасителя херувимы на тафте голубой, рамы позолочены. Под иконами тумбы, нарисованные на травчатом полотне... Завесы на дверях кумачовые...". И еще: "добавлено на пол около дверей пять войлоков (серо-черного) цвета...".

Если, в соответствии с этими описаниями, представить себе иконостас первой Исаакиевской церкви, то его доминирующими цветами будут желто-золотой и зеленый с двумя синими вертикальными полосами вдоль царских врат. В силу архитектурных особенностей чертежного амбара, перестроенного в первую Исаакиевскую церковь, ее иконостас высотой до 4 м и шириной более 6 м не нуждался в горизонтальных силовых конструкциях, а для зрительного эффекта большей высоты разделялся вертикальными зелеными полосами, начинающимися от пола.

Известно, что свои иконы для обустройства первого Исаакиевского храма дал император Петр I, они же были перенесены в иконостас второго Исаакиевского собора.

Судя по отведенным для них местам в проекте иконостаса, величина образов составляла не более 100 х 60 см и 80 х 50 см. На четырех проектах иконостаса Исаакиевского собора у различных авторов эти размеры сохраняются.

Размеры этих икон и упоминание о размещении на иконостасе первого Исаакиевского собора писанных на холсте образов Спасителя и архангелов позволяют предположить, что поместить там еще какие-либо иконы было затруднительно.

В свою очередь, горизонтальная структура иконостаса не позволяла создать для этого храма многорядный (4- или 5-ярусный) иконостас. Поэтому часть икон - "двунадесятые праздники" - были перенесены на стены храма или его столпы. Это же подтверждают проекты иконостаса второго Исаакиевского собора, на котором было предусмотрено размещение не более восьми икон и трех скульптурных групп над царскими вратами.

Несмотря на то, что иконостас второго Исаакиевского храма шириной около 8 м и высотой более 12 м позволял разместить дополнительные ярусы икон, этого не произошло. Структура иконостаса осталась прежней, такой же вертикальной, как в первом храме. Оформление иконостаса предусматривало несколько групп колонн, высота которых превышала половину высоты самого иконостаса.

Эти же тенденции оформления иконостаса сохранились и в третьем Исаакиевском соборе (проект архитектора А.Ринальди).

Его иконостас составляли в основном вертикальные структуры, колористическое решение - белый, золотой и зеленый цвета. К сожалению, главный алтарь этого собора не сохранился, но, он, скорее всего, не нарушал вертикального членения. В иконостасе размещалось не более 10 - 12 икон значительного размера. Ранее упомянутые иконы небольшого размера, переносимые из первого в последующие Исаакиевские храмы, располагались в интерьере.

Интересно отметить, что когда Монферран начал возводить четвертый собор, рядом с разбираемым третьим храмом сделали специальную пристройку для его икон, и в ней проводили богослужения. После 1828 года из-за интенсивных строительных работ по Императорскому указу и просьбе прихожан наиболее почитаемые иконы Исаакиевского собора перенесли в помещение на втором этаже западного крыла Адмиралтейства, где освятили временные приделы св. Исаакия Далматского, св. Александра Невского и св. Андрея Первозванного.

После открытия и освящения четвертого Исаакиевского собора в 1858 году часть икон из Адмиралтейства возвратили в новоосвященный храм, другие же (например, образ св. Андрея Первозванного) были оставлены в Адмиралтействе.

На иконостасе нынешнего Исаакиевского собора четко прослеживается традиционное оформление, начиная от первой деревянной Исаакиевской церкви.

Так, несмотря на значительную площадь иконостаса, здесь размещено ограниченное количество икон, притом тех же, что и в первом храме св. Исаакия Далматского (образы Спасителя, Богоматери, св. Николая Мирликийского, св. Исаакия Далматского, св. Александра Невского). Добавлены только лики святых, соименных царям и царицам, при которых были построены четыре Исаакиевских храма.

"Двунадесятые" праздничные иконы вынесены в интерьер собора, что соответствует их расположению в предшествующих Исаакиевских церквах. Фон образов (лимонная камка - желтый) был заменен на золотую мозаичную канторель. Вертикальные колонны сохранены и выполнены из малахита, как бы воспроизводя нарисованные на полотне "травчатые" (зеленые) тумбы первого Исаакиевского храма.

Голубой фон около царских врат заменили колонны из афганского лазурита, а нарисованные фигуры над царскими вратами воспроизводит скульптурная группа "Христос по славе". Завесы над дверьми сохранили кумачовыми, и даже мраморные плиты наборного пола повторяют серый тон войлоков первой Исаакиевской церкви.

Эти особенности цветового и композиционного решения интерьера Исаакиевского собора позволяют предположить, что традиции в его убранстве, заложенные при императоре Петре I, сохранялись, и были одним из критериев при возведении всех храмов св. Исаакия Далматского в Петербурге.